내국신용장에 의하여 수출용 원자재 등을 공급하는 사업자는 공급받는 사업자가 재화를 인수하는 때에 당해 일자의 「외국환거래법」에 의한 기준환율 또는 재정환율에 의하여 계산한 금액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 교부한다(부기통16-53-2).
한편, 구매확인서에 의하여 재화를 공급하는 사업자가 본사와 공장 등 2 이상의 사업장이 있을 때 수출을 증명하는 제 증빙서류의 명의는 본사로 되어 있다 하더라도 최종제품을 완성하여 인도하는 공장에서 영세율을 적용받는 것이며, 신용장상의 명의로 되어 있는 본사가 영세율을 적용받는 경우에는 공장은 본사로 거래 징수하는 세금계산서(총괄납부 승인을 받은 사업자의 경우 거래명세표)를 먼저 교부하여야 하는 것이다(부가-1267, 2010.09.28).
① 공급일의 다음달 10일까지 구매확인서가 발급되지 않은 경우에는 일반세금계산서를 발급하는 것이며, 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우 수정 영세율세금계산서를 발급하는 것이다(부가-1252, 2010.09.26).
② 갑(보세공장)으로부터 재화를 공급받은 국내소재 을법인이 다른 보세구역에 소재한 병(보세공장)에게 재화를 공급하면서 보세운송에 의해 보세공장간 재화가 직접 이동한 경우에도 구매승인서에 의한 영세율 세금계산서는 갑(보세공장)은 을법인을 공급받는 자로, 을법인은 병(보세공장)을 공급받는 자로 하여 교부하는 것이다(부가- 605, 2010.05.11).
③ 재화 공급일 이전에 매입처로부터 구매확인서를 발급받아 재화를 공급하였으나, 영세율이 아닌 10% 세금계산서를 발급하거나 재화를 공 급하면서 10% 세금계산서를 발급하고 매입처로부터 공급일이 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서를 발급받았으나, 영세율 수정세금계산서를 발급하지 아니한 경우로 과세표준 등을 신고ㆍ납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우에는 「부가가치세법」제22조 제2항 제1호의 가산세 부과대상인 사실과 다른 경우에 해당하지 아니하는 것이다(기획재정부 부가-747, 2011. 11. 28).
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