재화의 수입에 대하여는 수입자로부터 관세징수의 예에 의하여 세관장이 부가가치세를 징수하고 과세대상에 대하여는 세금계산서를 발급하고 면세대상에 대해서는 계산서를 발급하여야 한다. 다만, 소득세법시행령 제212조의 2 제2항에서 부가가치세법시행령 제12조의 제2항 제2호 내지 제11호 및 제14호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 수입에 대하여는 계산서를 교부하지 아니할 수 있도록 하고 있다. 따라서 세관장은 수입신고가 수리된 날로부터 15일 이내에 부가가치세를 수입자로부터 징수하고 수입세금계산서를 발급하여야 한다.
수입계산서 합계표는 세관장이 수입업자에게 교부한 자료를 세관에서 국세청에 통보하므로 수입업자의 매입처별계산서합계표 제출의무가 2006.1.1 이후 개시하는 사업연도부터 폐지되었다. 즉, 계산서를 발급받은 수입자는 그 계산서의 매입처별합계표를 제출하지 아니할 수 있다(소법163⑤).
※ 수입세금계산서·계산서는 관세청 홈페이지(www.customs.go.kr) 실시간조회서비스 화면에서 발급내역을 확인할 수 있다.

수입세금계산서

수입업자가 자기과세사업을 위하여 세관장으로부터 교부받은 수입세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제한다.

1) 무환수입시의 매입세액 공제여부
사업자가 국내사업장이 없는 외국법인과 당해 외국법인이 국내에 공급한 재화에 대한 사후보증수리 대행계약을 체결하고 당해 외국법인으로부터 수리용 부품을 무상으로 제공받아 수리용역을 제공하는 경우로서 당해 부품을 무환으로 수입하면서 관세·부가가치세 등을 부담하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제2호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되는 것이다(서면3팀-2915, 2007.10.26).

2) 수입대행의 경우 매입세액공제 대상자
사업자가 재화의 수입을 위탁하는 경우에는 수입위탁자의 명의로 수입세금계산서를 교부받아야 하는 것이므로 수입대행자가 수입세금계산서를 자기명의로 교부받은 경우 당해 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하여 수입대행자의 매입세액으로 공제받을 수 없으나, 수입대행자가 실질적으로 자기의 책임과 계산 하에 재화를 수입하고 자기명의로 수입세금계산서를 교부받아 위탁자에게 당해 수입재화를 공급하는 경우에는 그러하지 아니하는 것이다(서면3팀-1122, 2007.04.13).

수출자가 관세 등을 부담하는 조건의 수입

국내사업자가 외국 수출업체로부터 재화를 수입(DDP조건:매도인 관세부담조건)함에 있어 당해 재화의 수입주체가 실질적으로 외국 수출업체로서 수입에 관련된 관세 및 부가가치세를 외국 수출업체가 납부하는 경우에는 국내사업자가 수취한 수입세금계산서의 매입세액은 공제할 수 없는 것이나, 다만, 국내사업자가 당해 재화를 자기의 과세사업을 위하여 사용하고 실질적인 수입의 주체로서 수입과 관련한 관세 및 부가가치세를 납부하는 경우에는 세관장으로부터 수취한 수입세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있는 것이다(서면3팀-2234, 2005.12.08). 매도인이 물품을 수입국의 지정된 장소에서 매수인이 임의처분 가능한 상태로 인도하는 것으로 매도인은 물품을 수입통관을 수행한 상태로 지정 인도 장소에서 인도하기 위해 필요한 제세공과금을 포함한 비용과 위험을 부담해야 하는 무역거래조건이며, 계약당사자들은 매도인의 의무에서 물품 수입시 지불해야 하는 부가가치세 등을 제외하기 위하여 명시적인 문구(부가가치세 미지급)를 추가할 수 있는 것으로 되어 있는 바, 그 원문의 규정 중 일부를 보면 다음과 같고, ○○○과 ○○○간에 약정된 계약서에는 위 명시적인 문구(부가가치세 미지급) 관련 내용의 규정은 없는 것으로 나타난다. 쟁점매입세액은 ○○○이 ○○○에 철강촉매제를 판매하는 과정 중 하나인 동 촉매제를 수입하면서 부가가치세법에 따라 발생하는 비용으로 이는 ○○○이 부담하여야 할 비용으로 보여지므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2006서4039, 2007.07.04).

위약물품에 대한 수정세금계산서의 발급

세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 ｢관세법｣ 제106조에 규정하는 위약물품에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체 없이 환급하여야 한다. 이 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급하고, 법 제20조에 따라 이를 관할세무서장에게 제출하여야 한다(부령71②).
사업자가 국외로부터 수입한 재화가 하자가 발생하여 반송하는 경우 동 재화가 관세법 제106조에 규정하는 위약물품에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체 없이 환급하여야 하는 것이므로 수출하는 재화에 해당하지 아니하는 것이며, 반송하는 수입재화가 관세법에 규정하는 위약물품에 해당되지 아니하는 경우에는 수출하는 재화에 해당하는 것이다(제도46015-12407, 2001. 07. 26.) 또한, 사업자가 수입한 재화가 관세법 제106조에 규정하는 위약물품에 해당되어 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 교부받고 당해 재화의 반출에 따른 수출신고를 필한 후 외국의 수출자에게 반출하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이다(서삼46015- 10282, 2001.09.21).
따라서 (-)수입세금계산서는 당해 작성일자가 속하는 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 부가가치세대급금(-)로 처리하면 된다.

수입한 재화를 국외로 반품하는 경우, 선결정(국심 1999서972, 1999.8.17.)에 의하면, 반품선적분도 수출하는 재화에 해당하여 영세율이 적용되며, 부가가치세 과세표준 신고시 이를 누락한 경우에는 가산세가 부과되는 것으로 판단한 점, 관세청장은 질의회신문(관세제도과-561, 2009.6.10.)에서 “하자를 이유로 수입된 물품을 원상태로 유상 수출한 경우, 제106조에 의한 환급조건과 환특법에 의한 환급조건(영세율 신고방법)의 충족 여부에 따라 선택적으로 환급을 신청할 수 있는 것”으로 회신하고 있는 점 등으로 보아 처분청이 과세근거로 삼은 「부가가치세법 시행령」제71조 제2항의 “제106조에 규정하는 위약물품에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체없이 환급하여야 한다”는 규정은, 납세자가 제106조의 규정에 의하여 위약물품에 대한 관세환급을 신청함에 따라 관세당국이 관세환급대상임을 확인하는 경우에는 수정(-)수입세금계산서를 발행·교부하면서, 환급신청한 관세 뿐만 아니라, 관세와 동시에 징수한 수입부가가치세도 함께 지체없이 환급해 주어야 한다는 납세자에 대한 편의적 규정으로 판단되며, 동 규정을 관세환급이 불필요한 무관세 물품의 수입자에게도 수입당시 납부한 부가가치세를 환급받기 위해서는 반드시 제106조에 의한 관세환급절차를 이행해야 한다고 판단하기는 어려운 것으로 보인다.
따라서 수입자가 하자 등을 이유로 수입품을 반품하는 방법으로는 제106조에 의한 환급 방법과 환특법에 의한 원상태로의 수출방법 중에서 선택할 수 있다 할 것이므로, 쟁점거래에 대하여는 영세율을 적용하여 관련 매입세액을 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심2010서0067, 2010.10.28).

관련법조문

계약내용과 상이한 물품 등에 대한 관세환급(관세법 제106조)

① 수입신고가 수리된 물품이 계약내용과 상이하고 수입신고 당시의 성질 또는 형태가 변경되지 아니한 경우 당해 물품이 수입신고수리일부터 1년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 그 관세를 환급한다.

1. 당해 물품이 외국으로부터 반입된 물품인 경우에는 보세구역(제156조제1항의 규정에 의하여 세관장의 허가를 받은 때에는 그 허가받은 장소를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 반입하여 다시 수출한 때
2. 당해 물품이 보세공장에서 생산된 경우에는 보세공장에 다시 반입한 때

② 제1항의 규정에 의한 수입물품으로서 세관장이 환급세액의 산출에 지장이 없다고 인정하여 승인을 한 경우 그 수입물품의 일부를 수출한 때에도 제1항의 규정에 의하여 그 관세를 환급할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 수입물품의 수출에 갈음하여 이를 폐기하는 것이 부득이하다고 인정하여 그 물품을 수입신고수리일부터 1년 내에 보세구역에 반입하여 미리 세관장의 승인을 얻어 폐기한 때에는 그 관세를 환급한다.
④ 수입신고가 수리된 물품이 그 수리후 계속 지정보세구역에 장치되어 있는 중에 재해로 인하여 멸실되거나 변질 또는 손상으로 인하여 그 가치가 감소된 때에는 대통령령이 정는 바에 의하여 그 관세의 전부 또는 일부를 환급할 수 있다.
⑤ 제1항 내지 제4항의 적용에 있어서 징수유예중이거나 분할납부기간이 종료하지 아니하여 당해 물품에 대한 관세가 징수되지 아니한 때에는 세관장은 당해 관세의 부과를 취소할 수 있다.
⑥ 제46조 및 제47조의 규정은 제1항 내지 제4항의 관세의 환급에 관하여 이를 준용한다.

수정수입세금계산서의 발급

수입자가 보정신고, 수정신고, 경정청구, 후발경정청구, 과세가격조정 경정, 과오납 및 위약환급의 사유로 스스로 정정한 경우에는 세관장은 수정세금계산서를 발급할 수 있다. 또한, 관세조사 등 개시 이후 세액 경정할 것을 미리알고 보정·수정·경정 신청하거나 세관장이 세액을 결정 경정하는 경우로서 단순착오 등 수입자가 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다. 이 개정규정은 2013년 7월 26일 최초로 수정신고하거나 결정 경정하는 분부터 적용하며 성실신고 유도를 위하여 도입되었다.
1) 발급사유
세관장은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다(부법35①).

① 경정전 잠정가격의 신고 등에 의한 수정신고
세관장은 ｢관세법｣에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항ㆍ제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다.

② 경정 등을 알고 수정신고신고 하는 경우
세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위, 그 밖에 이와 유사한 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고 하는 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다. 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3 제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

㉠ ｢통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약｣에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
㉡ 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
㉢ 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출 되었음이 확인된 경우 및 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

2) 발급방법
세관장이 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급한다(부령72⑤). 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 법제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.