KITA.net

제 14장 영세율 조기환급신고

수정신고와 영세율신고불성실가산세 감면

법정신고기한 경과 후 2년 이내에 영세율부가가치세 예정신고 또는 확정신고에 대한 수정신고를 한 경우 다음의 기한에 따라 영세율신고불성실가산세를 감면한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외한다(국기법48①2). 한편, 영세율과세표준 예정신고누락분으로 확정신고 하면서 첨부서류를 제출하는 경우에 ｢국세기본법｣ 제48조 제2항 제1호(2008.12.26 법률 제9263호로 개정된 것)에 따라 영세율 과세표준 신고불성실가산세에 대하여 100분의 50을 감면 받을 수 있는 것이다(국기,징세과-12, 2009.08.27).

[수정신고에 기간별 영세율신고불성실가산세 감면비율]

수정신고에 기간별 영세율신고불성실가산세 감면비율

법정 신고기한 경과 후 기간	감 면 비 율
6개월 이내	50%
6개월 초과 ~ 1년 이내	20%
1년 초과 ~ 2년 이내	10%

(3) 영세율 관련사례

① 영세율신고불성실 가산세 부과처분의 당부
청구인은 국내에서 전자부품(변압기 등)을 제조하여 수출하다 원가상승으로 국내 제조설비를 이전하여 위탁가공 생산한 후 제품 일부는 국내업체에게 판매하거나 국내에 반입 후 직접 수출하고, 나머지 제품은 위탁가공무역방식으로 인도네시아 현지에서 수출하고 있다.
청구인은 2006년 제2기 이후 영세율 첨부서류를 간소화하라는 처분청 담당자의 행정지도에 의거, 위탁가공무역방식의 수출에 대한 월별조기환급신고시 수출실적명세서상의 “기타영세율 적용”란에 그 총액을 기재하고, 상세내역은 별지로 작성하여 팩스로 제출하고 21회에 걸쳐 환급받았음에도 처분청은 ｢부가가치세법시행령｣ 제64조 제3항 제1의2에서 정하는 “수출계약서 사본” 또는 “외화입금증명서”를 제출하지 않았다 하여 2006년 제2기분 이후 위탁가공무역방식의 수출에 대하여 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 적용한 것은 부당하다고 주장한다.
｢부가가치세법시행령｣ 제64조 제3항 및 제65조 제2항에서 영세율 과세표준에 대하여 일반 과세표준과는 달리 영세율 적용대상임을 확인할 수 있는 서류를 제출하도록 규정한 취지는 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세가 완전면세 되는 만큼 그 적용대상 여부와 금액을 정확하게 확인하여야 하기 때문에 신고납부제도를 채택하고 있는 부가가치세 체제에서 세무서장이 납세자의 신고서류만으로 이를 확인할 수 있게 하기 위한 것인 바, 청구인이 처분청에 팩스로 제출한 “기타영세율 적용” 상세내역에 의하면 수출일자, 거래상대방 상호, 송장번호, 선적일, 통화, 환율, 외화입금액, 원화금액이 기재되어 수출내역을 확인할 수 있고, 청구인이 보관하고 있는 송장 및 송장별 수출대금입금내역에서 그 구체적 수출내역 및 외화입금내역을 확인할 수 있는 것으로 나타난다. 또한, 영세율 조기환급신고시 의무적으로 제출하여야 하는 영세율 첨부서류에 대한 유효적절한 행정지도를 하지 아니한 채 기왕에 별다른 이의제기 없이 장기간 영세율적용대상임을 승인하여 왔다면, 그 귀책사유가 영세율 신청을 한 사업자에게 있다고 보기 어려운 바 처분청에서는 ｢부가가치세 영세율 적용에 관한 규정｣에 영세율적용사업자에 대하여 사후관리대장과 영세율 첨부서류 검토조사서 등을 비치 등재하여 사후관리 하도록 규정하고 있어 청구인의 위탁가공무역방식의 수출이 영세율거래임을 알 수 있었고, 청구인은 영세율과세표준이나 세액을 실제 수출과 동일하게 신고하고 대금이 입금되었음이 확인될 뿐만 아니라 청구인은 2006년 제1기까지 영세율 첨부서류를 제출하다 2006년 제2기부터 첨부서류 일부를 생략하고 처분청은 생략 제출된 영세율 첨부서류에도 불구하고 21회에 걸쳐 별다른 이의제기 없이 청구인의 영세율 과세표준신고 내용을 용인하여 왔던 점에 비추어 청구인에게 영세율 첨부서류 미제출에 대한 의무위반을 탓하기는 어렵다고 볼 수 있다(조심 2008중3984, 2009.03.12;조심2010부3408, 2010.12.14).

② 신고기한 경과 후 영세율 첨부서류 제출시 가산세 부과여부
국세기본법 제5조의 2 제3항 및 국세청고시 제 2003-2호에서 조기환급신고의 경우 영세율첨부서류를 제출기한 연장대상에서 제외하는 것은 그 취지가 영세율사업자에게 조기환급하여 자금부담을 덜어주기 위하여 일반환급시보다 빨리 영세율첨부서류를 제출하라는 것임을 감안할 때 청구법인이 조기환급신고자의 제출기한 내에 영세율첨부서류를 제출하지는 않았으나 일반 환급신고자의 제출기한 내에 영세율첨부서류를 제출하였다면 이를 일반환급 신고로 보아 영세율 조기환급의 혜택을 부여하지 아니하고 일반환급으로 전환하는 것으로 충분한 것이지 영세율사업자에게 신고불성실가산세까지 부과할 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인에게 신고불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(국심 2006서3669, 2007.04.27).

③ 영세율 조기환급에 대한 세금계산서불성실 가산세
부가가치세법 시행령 제73조 제3항에 따른 영세율 등 조기환급신고에 대하여 같 은 법 시행령 제68조 제2항 제5호의 규정에 따라 부가가치세의 과세표준과 환급 세액을 조사에 의하여 같은 법 제18조 또는 제19조에 의한 신고기한 전에 경정하 는 경우, 부가가치세법 제22조 제3항 제3의2호의 규정에 의한 세금계산서불성실 가산세를 부과하는 것이다(기획재정부-404, 2008.10.15).

④ 착오로 영세율세금계산서로 발급한 경우 일반세금계산서로 발급교부 가능여부

㉠ 국세청 법규해석
사업자가 부가가치세법 제11조의 규정에 의한 영의 세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에 당해 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 10%의 세율을 적용하여 부가가치세법시행령 제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이다(재부가-700, 2007.10.4).
㉡ 법원 판결
부가가치세법시행령 제59조의 규정은 세금계산서상의 작성에 있어 착오나 정정의 사유가 있을 경우 이를 수정하도록 함으로써 거래의 실제와 일치시켜 정당한 부가가치세액을 산출하기 위한 데에 그 취지가 있다 할 것이므로 이 사건과 같이 매입분에 대한 세율의 착오가 있는 경우에도 이를 정당한 세율로 정정한 수정세금계산서를 교부할 수 있다고 보아야 할 것이고, 또한 위와 같이 착오 내지 정정사유가 발생한 이유에 관하여 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로 이 사건 세율의 착오가 부가가치세 조사과정에서 발견된 것이라고 하여 수정세금계산서 교부의 대상이 아니라고 볼 수도 없는 것임(대구고등법원 2002누 1183, 2002. 11. 8:직권취소종결).2012.7.1 이후 수정세금계산서 발급분부터 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급할 수 있도록 개정하였다(부령59①9).

⑤ 월별조기환급 신고에 대한 가산세 여부

㉠ 사업자가 ｢부가가치세법시행령｣ 제73조 제3항의 규정에 의하여 4월분 과세표준과 환급세액에 대하여 영세율 등 조기환급신고서를 제출
한 후 당해 영세율 등 조기환급신고시 누락한 4월분 매입세금계산서는 확정신고시 제출하는 것이며, 당해 매입세금계산서를 5월분 과세표준과 환급세액에 대하여 영세율 등 조기환급신고서를 제출하면서 포함하여 제출한 경우 ｢부가가치세법｣ 제22조 제5항(매입처별세금계산서 합계표 관련 가산세) 및 ｢국세기본법｣ 제47조의4(초과환급신고가산세)에서 규정하는 가산세는 적용하지 아니하는 것이다(서면3팀- 1904, 2007. 7. 5).
㉡ 부가가치세법 시행령 제73조 제3항에 따른 영세율 등 조기환급신고에 대하여 같은 법 시행령 제68조 제2항 제5호의 규정에 따라 부가가
치세의 과세표준과 환급세액을 조사에 의하여 같은 법 제18조 또는 제19조에 의한 신고기한 전에 경정하는 경우, 부가가치세법 제22조 제3항 제3의2호의 규정에 의한 세금계산서불성실가산세를 부과하는 것이다(재부가-404, 2008. 10. 15).
㉢ 사업자가 부가가치세법시행령 제73조 제3항의 규정에 의하여 조기환급신고를 하면서 당해 조기환급기간에 대한 환급세액을 초과하여
환급세액을 신고하였다고 하더라도 신고불성실가산세는 부과되지 아니하는 것이다(국심 2006중919, 2006. 11. 16).
㉣ 재화의 공급에서 제외되는 사업의 포괄양도·양수와 관련하여 세금계산서를 교부받고 조기환급신고를 한 후, 관할세무서의 조기환급결
정 전에 수정신고서를 통해 조기환급신고를 취소한 경우 초과환급신고가산세는 적용되지 아니하는 것이다(재정부-420, 2008. 3. 12).

|판례| 영세율첨부서류 미제출가산세(조심2012서800, 2012. 05. 22)

청구법인은 중계무역방식의 수출을 하는 업체로서 수출계약서를 따로 작성하지 않으므로 외화입금증명서를 첨부하여 부가가치세를 신고하고 있으나, 수출대금의 입금이 늦게 이루어져 외화입금증명서를 발급받지 못하여 부득이 외화획득명세서를 우선 첨부하고, 나중에 수출대금의 입금이 되면 외화입금증명서를 발급받을 수 있을 때 외화입금증명서를 첨부하고 있는 것으로, 국세청장이 정하는 서류를 제출하여야 하는데, 국세청장은 현재 그 서류를 고시하고 있지 않고 있고, 본점의 경우도 2001.4. 이후 외화획득명세서의 제출로 영세율 조기 환급을 받음에 있어 관할 세무서로부터 이의제기 또는 행정지도를 받은 바가 없고, 외화획득명세서에 공급 연월, 공급받는 자의 상호 및 국적, 재화·용역의 구분, 원사·부자재·물품·완제품의 표시, 수량, 단가, 금액, B/L 번호 등을 기재하여 영세율을 확인에 필요한 정보를 모두 기재하였고, 외화획득명세서만 첨부한 거래에 대하여 청구인은 OOO 등을 보관하고 있어 과세관청은 언제든지 이를 확인할 수 있음에도 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하며, 부가가치세 신고서 및 외화입금명세서(매입실적확인 및 증명발급신청서), 외화획득명세서(외화미입금 해당분), 수출실적명세서(직수출분) 등을 제출한 바, 이중 외화획득명세서를 보면, 공급연월, 공급받는 자의 상호 및 국적, 재화·용역의 구분, 원사·부자재·물품·완제품의 표시, 수량, 단가, 금액, B/L 번호 등이 기재되어 있고, 법정서식제출불능사유에는 “미입금”이라고 기재되어 있고, 추후 입금시 발급받은 외화입금증명서를 제출할 때에는 기보고분 이라고 기재하여 구분하여 영세율신고를 하고 있는 것으로 나타난다.
｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3항에서 영세율이 적용되는 경우에 일반과세표준 신고시와는 달리 영세울 적용대상임을 확인할 수 있는 서류를 제출하도록 한 취지는 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세가 완전 면세되는 만큼 그 적용대상 여부와 금액을 정확하게 확인하기 위한 것으로 세무서장이 납세자의 신고서류만으로 이를 확인할 수 있도록 하기 위한 것이라 할 것이나, 납세자가 신고시 의무적으로 제출하여야 하는 법정 첨부서류에 대하여 과세관청이 유효 적절한 행정지도를 하지 아니한 채 기왕에 별다른 이의 제기없이 장기간 영세율 적용대상임을 승인하여 왔다면 영세율 신고불성실의 귀책사유가 납세자에게만 있다고 보기 어려운 점이 있다(국심 2000서436, 2000.7.29., 국심 1998전2715, 1999.2.8. 등 참조).
이상의 내용을 종합하여 살피건대, 이 건에 있어 청구법인은 수출대금의 외화입금 해당분은 외화입금증명서를 첨부하고, 그 미입금분은 부득이 수출사실이 상세하게 기록된 외화획득명세서를 처분청에 제출하고 OOO를 보관하고 있어 처분청으로서도 언제든지 영세율 적용대상의 여부와 금액 등의 수출사실을 확인할 수 있다고 보이고, 다음 달 외화입금 시 외화입금증명서에 “기보고분”이라고 표시하여 다음 달의 실적신고 시 정상적으로 신고해온 점에서 수출상대국의 대금지연이라는 부득이한 사유가 있는 것으로 보이며, 본사의 경우 2001년 4월 이후 외화획득명세서의 제출로 영세율 조기 환급을 받음에 있어 관할 세무서로부터 이의제기 또는 행정지도를 받은 바가 없는 점 등에 비추어 신고불성실의 귀책사유가 청구법인에게만 있다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 영세율과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당한 것으로 판단된다.